El espionaje es probablemente una de las tecnologías más importantes en el desarrollo de un imperio exitoso. Solamente una sonda de espionaje puede realizar misiones de espionaje en las cuales se recoge información sobre los edificios, naves, defensas y tecnologías de un planeta enemigo.
Para hacerlo debe ingresar a la ventana de "Flota" del menú, seleccionar el número de sondas que desea utilizar, ingresar las coordenadas del planeta destino y seleccionar en el tipo de misión "Espionaje". Al hacer esto puede ver el gasto de combustible y el tiempo de arrivo y regreso del escuadrón.
También se puede espiar directamente desde la vista de galaxia, siempre y cuando haya sondas disponibles en el planeta y no tengamos todos los campos de computación ocupados con otras flotas.
Mientras las sondas estén volando, podremos conocer su situación desde "Visión general" bajo la sección de "Eventos" (las misiones de espionaje se marcan en color naranja), y también desde el menú de "Flota". Cuando el escuadrón llegue al planeta de destino obtendremos un Reporte de espionaje, donde podremos ver más o menos información del planeta y del jugador según la diferencia entre los niveles de espionaje. Cabe destacar que el jugador al que espiemos también recibirá un aviso de que ha sido espiado.