偵察機のみが行えるミッションです。これが行われるとスパイリポートがメッセージ画面に発行され、スパイした惑星に関する情報を提供します。どんな惑星にもスパイを行えますが、相手の惑星が高いスパイ技術を持っていた場合は、得られる情報が制限され、しかもカウンタースパイされる可能性が高くなります。
スパイを行うときは、銀河画面のスパイボタンから行うのが簡単です。このボタンで通常1機の偵察機が派遣されますが、オプションで変更すれば複数機の偵察機でスパイすることが可能です。しかし大量の偵察機を派遣すればするほど、カウンタースパイの確率が増します。
偵察機の数やスパイ技術のレベルと、カウンタースパイ発生の確率の関係性については、スパイ技術を参照してください。